土壤中的微生物有哪些：六大类群，数量差异明显
土壤中的微生物有细菌、放线菌、真菌、古菌、藻类、原生动物六大类，其中细菌数量占比最高，放线菌次之，真菌生物量更大；水田厌氧土层中古菌数量明显上升，砂质干旱土壤更适合放线菌繁殖，GB/T32725-2016标准明确，表层0至20厘米耕作层微生物总量远高于深层底土，深层黏重缺氧土层里真菌与放线菌数量会大幅下降。
土壤中的微生物主要类群
| 微生物类别 | 常见代表菌种 | 土壤分布特点 | 主要功能 |
|---|---|---|---|
| 细菌 | 固氮菌、硝化细菌、枯草芽孢杆菌、反硝化细菌 | 1克表层土可达数十亿个，湿润肥沃农田含量最高 | 分解简单有机质，完成氮素硝化、固氮与氨化循环 |
| 放线菌 | 链霉菌、诺卡氏菌 | 干燥透气的壤土、砂壤土居多，是泥土腥气的来源 | 分解木质素、蜡质等难降解有机质，产生天然抑菌物质 |
| 真菌 | 木霉菌、根霉菌、菌根真菌、酵母菌 | 有机质丰富的腐殖土数量更高，菌丝可延伸数十厘米 | 分解纤维素、木质素，与植物根系形成共生体系提升养分吸收 |
| 古菌 | 产甲烷古菌、氨氧化古菌 | 长期淹水的水田、深层厌氧土层大量富集 | 参与厌氧甲烷生成，在低氮土壤里完成氨氧化过程 |
| 藻类 | 硅藻、蓝细菌、绿藻 | 光照充足的土壤表层，裸露土面数量更多 | 依靠光合作用合成有机质，固定碳元素，改良表层板结土 |
| 原生动物 | 变形虫、鞭毛虫、纤毛虫 | 湿润有孔隙的耕作层，依附细菌群落生存 | 捕食细菌，调控菌群平衡，加速养分释放 |
微生物数量会随土层深度快速递减。
不同土壤环境下菌群变化
旱地农田以细菌和放线菌为主，真菌占比偏低；林地腐殖土真菌总量会明显超过放线菌；长期淹水的水稻田，好氧细菌数量减少，古菌与厌氧细菌成为优势种群。如果土壤长期施用高浓度化肥，有益菌数量会逐步降低，致病菌占比随之升高；连续多年施用腐熟有机肥，细菌、菌根真菌的丰度可以得到稳步提升。在酸性红壤里，放线菌生长会受到抑制，真菌更易存活；碱性盐碱土更适合放线菌与硝化细菌大量繁殖。
菌群检测适用边界
GB/T32725-2016仅适用于好氧条件下的土壤微生物采样与保存，厌氧菌群（产甲烷古菌）的样品不能在常温有氧环境下放置超过2小时，否则菌群结构会出现明显改变。仅检测表层土无法完整判断整体菌群，深层30至60厘米土层的微生物群落，和表层耕作层存在较大差异，不能用表层数据代替深层土壤的微生物检测结果。
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